Cluster LAM/MPI con Debian Etch

dag — Mon, 27 Apr 2009 05:40:21 +0000

Podemos configurar un cluster de alto rendimiento en Debian utilizando la interfaz de paso de mensajes LAM/MPI.

Los prerrequisitos de este tutorial es disponer de una instalación básica de debian Etch, en nuestro caso hemos usado cinco máquinas (un frontend y cuatro nodos), aisladas en una red propia que se usará tan solo para el cluster de alto rendimiento, las hemos llamado: (10.11.12.1) debian-frontend, (10.11.12.2) debian-node1, (10.11.12.3) debian-node2, (10.11.12.4) debian-node3, (10.11.12.5) debian-node4. En cada una de las máquinas hemos creado un usuario al que hemos llamado “cluster”.

Una vez tengamos la instalación básica y comprobamos que tengan connectividad entre ellas y lleguen a un gateway con salida internet (para la instalación de paquetes con apt-get), procederemos a instalar el paquete build-essential en cada una de las máquinas para compilar LAM/MPI que nos descargaremos de la web oficial.

Así que en cada uno de los nodos ejecutaremos

apt-get install build-essential

En nuestro caso no vamos a usar C++ y no necesitamos Fortran para programar en el cluster, así que no necesitaremos el compilador Fortran, eso sí le especificaremos la opción –without-fc en el configure, compilamos también el paquete en cada una de las máquinas:

tar -xzvf lam-7.1.4.tar.gz
cd lam-7.1.4
./configure --without-fc && make && make install

Una vez tenemos LAM/MPI instalado en todas las máquinas, modificaremos el archivo .bashrc del usuario cluster, que encontraremos en la home de este /home/cluster/.bashrc, al final del archivo añadiremos las siguientes líneas:

PATH=/usr/local/lam/bin:$PATH
export PATH
PATH=/usr/local/lam/bin:$PATH
export PATH

Modificaremos en el frontend el archivo /etc/hosts donde le indicaremos donde están todos los nodos, y luego lo podemos copiar a los otros nodos:

127.0.0.1	localhost
10.11.12.1	debian-frontend
10.11.12.2      debian-node1
10.11.12.3      debian-node2
10.11.12.4      debian-node3
10.11.12.5      debian-node4

Una vez podamos localizar todos los nodos, debemos conseguir que el frontend pueda acceder usando ssh a todos los nodos sin necesidad de password, para ello nos vamos al nodo principal y ejecutaremos ssh-keygen:

ssh-keygen -t rsa
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/cluster/.ssh/id_rsa): [ENTER]
Enter passphrase (empty for no passphrase): [ENTER]
Enter same passphrase again: [ENTER]
Your identification has been saved in /home/cluster/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/cluster/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
17:4f:9b:88:55:e2:dc:25:c3:74:01:c7:49:52:08:4f cluster@debian-frontend

Copiamos la clave a todos los nodos:

scp /home/cluster/.ssh/id_rsa.pub cluster@10.11.12.2:/home/cluster/
scp /home/cluster/.ssh/id_rsa.pub cluster@10.11.12.3:/home/cluster/
scp /home/cluster/.ssh/id_rsa.pub cluster@10.11.12.4:/home/cluster/
scp /home/cluster/.ssh/id_rsa.pub cluster@10.11.12.5:/home/cluster/

Accedemos a cada uno de los nodos y guardamos la clave:

cd /home/cluster/
mkdir .ssh
cat id_rsa.pub >> /home/cluster/.ssh/authorized_keys
rm id_rsa.pub

Nos volvemos al frontend, y comprobamos que podemos acceder a los hosts ejecutando un comando que debería mostrar el shell en uso sin necesidad de introducir ningún password:

rsh debian-node1 -n 'echo $SHELL'
/bin/bash
rsh debian-node2 -n 'echo $SHELL'
/bin/bash
[...]

Crearemos un archivo, al que yo he llamado boot_schema donde indicaremos todos los nodos del cluster, y el número de CPUs, si tenemos SMP le indicaremos dos CPU añadiendo cpu=2 despues del nodo (por ejemplo debian-node4 cpu=2):

#Mis nodos del cluster
debian-frontend
debian-node1
debian-node2
debian-node3
debian-node4

Momento de arrancar el cluster, para ello le pasaremos el archivo boot_schema que creamos en el paso anterior, y si todo ha ido bien veremos algo parecido a esto:

lamboot -v -ssi boot rsh boot_schema

LAM 7.1.4/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University

n-1<6023> ssi:boot:base:linear: booting n0 (debian-frontend)
n-1<6023> ssi:boot:base:linear: booting n1 (debian-node1)
n-1<6023> ssi:boot:base:linear: booting n2 (debian-node2)
n-1<6023> ssi:boot:base:linear: booting n3 (debian-node3)
n-1<6023> ssi:boot:base:linear: booting n4 (debian-node4)
n-1<6023> ssi:boot:base:linear: finished

Tenemos a nuestra disposición una suite de tests para probar nuestra instalación, pero que hay más bonito que empezar con un “Hola Mundo” en C para abrir nuestro apetito, para ello crearemos un archivo helloworld.c con el siguiente contenido, en un directorio al que he llamado test dentro de nuestra home:

#include 
#include 
int main(int argc, char *argv[]) {
	int rank, size;

	MPI_Init(&argc, &argv);
	MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
	MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
	printf("Hello, world! I am %d of %d\n", rank, size);
	MPI_Finalize();
	return 0;
}

Lo compilamos y pasamos el ejecutable a los otros nodos:

cd /home/cluster/test
mpicc helloworld.c -o helloworld
rsh debian-node1 -n 'mkdir /home/cluster/test'
scp hello 10.11.12.2:/home/cluster/test/
rsh debian-node2 -n 'mkdir /home/cluster/test'
scp hello 10.11.12.3:/home/cluster/test/
[...]

Hora de probar, deberíamos obtener un resultado como este (aunque no necesariamente en el mismo orden):

mpirun C hello
Hello, world! I am 0 of 5
Hello, world! I am 2 of 5
Hello, world! I am 1 of 5
Hello, world! I am 4 of 5
Hello, world! I am 3 of 5

Tenemos también como hemos dicho una suite de tests que nos permitiran comprobar el correcto funcionamiento de la instalación MPI:

cd /home/cluster
tar -xzvf lamtests-7.1.4.tar.gz
cd lamtests-7.1.4/
./configure
make

make -k check 2>&1 | tee check.out

Fuente

debian-ar.org » Clusters

Cluster LAM/MPI con Debian Etch